От истока течёт на юг, русло извилистое, течение быстрое, в русле камни, перекаты, в половодье большая часть из них уходит под воду. Берега Кубены высокие, лесистые. В нижнем течении река расширяется до 200—300 метров, при впадении в Кубенское озеро образует обширную дельту со сложной конфигурацией проток. У начала дельты расположено село Устье. Прозрачность воды 3-5 метров. Во время весеннего половодия конец апреля и май видимость нулевая.